Script : 00_Selection_pop_ope
L’objectif de cette étude est d’évaluer les tendances démographiques des poissons d’eau douce de Bretagne. Ce travail vient en appui à la révision de la liste rouge régionale de 2015. Il s’agit, dans un premier temps, de produire un tableau de bord combinant divers indicateurs de la dynamique des populations des poissons d’eau douce de Bretagne depuis 1990 jusqu’à 2023.
Ce script a pour objectif de constituer un premier dataframe regroupant une sélection de stations bretonnes à étudier tirées de la base ASPE. Ces données seront ensuite utilisées pour construires des séries temporelles des poissons d’eau douce représentatives du territoire breton.
# Chargement des packages ----
library(aspe)
library(tidyverse)
library(mapview)
library(COGiter)
library(sf)
library(wesanderson)
# Chargement des fonctions ----
source(file = "../R/borner_series.R")
# Chargement des données ----
rdata_tables <- misc_nom_dernier_fichier(
repertoire = "../../../../projets/ASPE/raw_data/rdata",
pattern = "^tables")
load(rdata_tables)
# Chargement de la palette de couleur ----
pal <- wes_palette("AsteroidCity1")
pal2 <- wes_palette("FantasticFox1")
pal3 <- c("#007844", "#92D050", "#0087C1", "#A97B30","#FCEE21", "#00AEEF", "#1D1D1B", "#B9D9EB")Plusieurs paramètres sont fixés dans cette étude. Ces paramètres sont modifiables selon les préférences et les objectifs visés. Parmi ces paramètres :
La taille du buffer (en mètres) : zone tampon entourant le département de la Bretagne.
Les réseaux de pêches : sélection des différents réseaux : RCS - Réseau de Contrôle de Surveillance ; RRP - Réseaux de Référence Pérenne ; RHP - Réseau Hydrobiologique Piscicole ; RCA - Réseau de contrôle additionnel ; RCO – Réseau Contrôle opérationnel. Seul les trois premiers réseaux seront conservés dans cette étude.
Les types de pêches : sélection des différents types de pêche : pêche partielle par point, pêche par ambiance, pêche partielle sur berge, pêche complète à un ou plusieurs passages.
Le nombre minimum d’années composant les séries de pêches.
Le nombre d’années manquantes consécutives maximum sur les séries de pêches.
## Taille du buffer (en mètres) ----
taille_buffer <- 1000
## Réseaux de pêches ----
mes_reseaux <- c("RCS – Réseau de Contrôle de Surveillance",
"RRP – Réseau de Référence Pérenne",
"RHP – Réseau Hydrobiologique Piscicole"
)
## Types de pêches ----
mes_types_de_peche <- c("Pêche complète à un ou plusieurs passages",
"Pêche partielle par points (grand milieu)",
"Pêche par ambiances",
"Pêche partielle sur berge")
## Nombre minimum d'années sur les séries de pêches ----
n_mini_annee <- 9
## Nombre d'années manquantes maximum sur cette série de pêches dans les données ----
n_max_manquant <- 2Création d’une passerelle qui permettra de joindre l’ensemble des différentes données utilisées. Cette passerelle permettra, au cours de l’étude, de joindre d’autres tables de données contenants différentes informations sur les stations/opérations/poissons contenu dans la base ASPE en utilisant la fonction “mef_ajouter_…”.
## Création d'une passerelle ----
passerelle <- mef_creer_passerelle()## Sélection de l'aire géographique : choix des départements ----
# Pour notre étude : La Bretagne (22, 29, 35, 56)
mes_depts <- departements_metro_geo %>%
filter (DEP %in% c("22", "29", "35", "56"))# Visualisation de la zone géographique sélectionnée ----
mes_depts %>%
mapview::mapview()Notre étude se concentre sur la Bretagne. Toutes les stations bretonnes sont regroupées dans un jeu de données initial. Ici, il ne s’agit pas de réfléchir à l’échelle des bassins versants, leur limite n’étant pas toujours évidente. Cependant, un buffer est mis en place aux alentours des limites départementales afin de considérer les stations aux emplacements ambiguës et englober les stations frontalières aux limites départementales. La limite du buffer est donc à considérer en fonction de l’aire géographique considérée (cf I.B Paramètres).
## Mise en place d'un buffer ----
buffer <- st_buffer(mes_depts,
taille_buffer) # PARAMETRE
# Visualisation de l'aire géographique et du buffer ----
mapview(
list(buffer, mes_depts),
layer.name = c("Bretagne avec un buffer de 1 km", "Bretagne"),
col.regions = list("#0A9F9D", "#FDE725FF")
)Les points de prélèvements sont alors représentés au sein de cette aire géographique.
# Visualisation des points de prélèvements présents dans l'aire géographique sélectionnée
pop_depts <- point_prelevement %>%
sf::st_as_sf(coords = c("pop_coordonnees_x",
"pop_coordonnees_y"),
crs = 2154) %>%
aspe::geo_attribuer(buffer) %>%
filter(!is.na(DEP))
mapview(
list(buffer, mes_depts),
layer.name = c("Bretagne avec un buffer de 1 km", "Bretagne"),
col.regions = list("#0A9F9D", "#FDE725FF")
) + mapview (pop_depts, shape = 20, color = "darkred", lwd =1)